Tout savoir sur la réforme de la facturation électronique 2026 en tant que kiné libéral

À partir du 1er septembre 2026, la réforme de la facturation électronique entrera progressivement en vigueur pour l’ensemble des professionnels libéraux, y compris les kinésithérapeutes. Même si les actes de soins sont exonérés de TVA, tous les cabinets devront être en mesure de recevoir des factures électroniques. À compter de septembre 2027, certaines activités réalisées entre entreprises devront également faire l’objet d’une émission de factures électroniques. Pour répondre à ces nouvelles obligations, les échanges de factures entre professionnels devront transiter par une Plateforme Agréée pour la facturation électronique. Milo est une solution compatible facturation électronique et s’appuie sur la Plateforme Agréée Iopole pour assurer la conformité réglementaire. Dans cet article, on vous explique ce qui change concrètement pour les kinés libéraux, en montrant comment cette évolution peut aussi, à terme, simplifier la gestion de votre cabinet. 

La facturation électronique obligatoire : de quoi parle-t-on vraiment

Lorsque l’on parle de “facturation électronique obligatoire”, il ne s’agit pas simplement d’envoyer vos factures en PDF par e‑mail. L’obligation porte sur l’usage de factures au format structuré, c’est‑à‑dire des fichiers conçus pour être lus et traités automatiquement par des logiciels, sans ressaisie. Des noms techniques comme Factur-X, UBL ou CII circulent souvent, mais vous n’avez pas à les maîtriser, car ce sont vos outils qui gèrent ces formats en pratique. 

La réforme repose ensuite sur deux mécanismes qui sont souvent confondus.  

• ➡️ L’e-invoicing correspond à l’échange de factures entre entreprises établies en France, donc à une logique B2B. 

• ➡️ L’e-reporting correspond à la transmission à l’administration de certaines données liées aux transactions. 

Cette distinction est importante, car elle signifie que la réforme vise d’abord les échanges professionnels, et que les soins facturés aux patients ne basculent pas dans le périmètre B2B. 

Facturation électronique et télétransmission : deux logiques différentes 

C’est un point clé pour éviter les amalgames : la facturation électronique ne remplace pas la télétransmission SESAM-Vitale.  

• ➡️ La télétransmission concerne les feuilles de soins et le circuit de remboursement par l’Assurance Maladie.  

• ➡️ La facturation électronique concerne une logique économique et fiscale, qui touche surtout les échanges entre structures et professionnels, ou certaines facturations hors soins au patient. 

Dans la pratique, les deux systèmes continueront à fonctionner en parallèle. Les soins remboursés via l’Assurance Maladie suivent leur logique habituelle, tandis que la facturation électronique s’applique aux échanges entre les entreprises B2B (et à des obligations de transmission de données selon les cas).  

Comment les kinés libéraux sont-ils concernés par la facturation électronique ? 

Même si la majorité des soins kinés est exonérée de TVA, vous restez dans le champ de la réforme : l’administration ne se contente pas de suivre la “TVA collectée”, elle piste aussi les flux économiques. Et, concrètement, vous allez devoir adapter votre façon de tenir votre comptabilité. 

Les situations où vous êtes concerné 

La réforme peut vous concerner de deux manières : en tant que récepteur et en tant qu’émetteur. 

➡️ Vous êtes concerné en tant que récepteur lorsque vous recevez des factures professionnelles, par exemple pour l’énergie, les télécoms, l’internet, les logiciels, les achats de matériel, ou des prestations liées au cabinet. C’est le cas le plus fréquent, et c’est la raison pour laquelle la réception en 2026 concerne pratiquement tout le monde. 

➡️ Vous êtes concerné en tant qu’émetteur dès que vous facturez un autre professionnel ou une structure. Par exemple, cela peut arriver lorsque vous travaillez en collaboration, lorsque vous gérez des rétrocessions (selon votre cadre d’exercice et la qualification de votre interlocuteur), lorsque vous facturez une structure, ou lorsque vous facturez une activité de formation en B2B (si elle entre dans le périmètre concerné). 

En résumé, tout ce qui relève du B2B peut entrer dans le dispositif. À l’inverse, les soins aux patients restent hors du périmètre de la facturation électronique. 

Pourquoi l’État met en place cette réforme sur la facturation électronique ? 

À première vue, le sujet peut ressembler à une contrainte administrative de plus. En réalité, l’objectif de l’État n’est pas seulement de “passer au numérique”, mais de standardiser l’échange des factures sous forme de données normalisées. Concrètement, la facture devient un flux de données plutôt qu’un document isolé qu’on classe puis qu’on ressaisit parfois en comptabilité. 

Ce que la réforme change vraiment au quotidien 

La facturation électronique a surtout un objectif : rendre les échanges de factures plus simples, plus fiables et mieux suivis.

Les données de facturation seront transmises plus facilement à l’administration, ce qui permettra de mieux contrôler les informations, de lutter contre la fraude à la TVA et, à terme, de simplifier certaines déclarations.

Côté professionnel, l’intérêt est aussi très concret : moins de papier, moins de ressaisies, moins d’erreurs, et un meilleur suivi des factures grâce à un circuit plus sécurisé. Pour un kiné libéral, l’enjeu n’est donc pas de gérer une réforme technique, mais de s’appuyer sur un outil clair et bien paramétré.

Ce qui ne change pas 

Vos soins facturés aux patients et les flux liés à l’Assurance Maladie ne basculent pas d’un coup dans la facturation électronique B2B. Vous n’allez donc pas émettre des factures électroniques “entre entreprises” pour chacun de vos actes de soins comme si vos patients étaient des sociétés. La télétransmission SESAM-Vitale continue de fonctionner selon sa logique propre. La facturation électronique concerne un autre périmètre : les factures professionnelles, les échanges entre entreprises et certaines données à transmettre selon les cas. 

Quand la facturation électronique deviendra-t-elle obligatoire ? 

La facturation électronique deviendra progressivement obligatoire à partir du 1er septembre 2026. 

• 📆 À partir du 1er septembre 2026, vous devez être capable de recevoir des factures électroniques. C’est le point le plus certain pour les cabinets, car vos fournisseurs (énergie, télécom, logiciels…) basculeront progressivement. 
• 📆 À partir du 1er septembre 2027, les PME et micro-entreprises devront pouvoir émettre des factures électroniques pour certaines factures entre professionnels. Pour un kiné libéral, cela ne veut pas dire que toutes les factures seront concernées. L’émission s’appliquera surtout si vous facturez une entreprise, une association, une structure de santé ou un autre professionnel en France. 

👉 En 2026, la priorité reste simple : être prêt à recevoir des factures électroniques. L’émission se préparera ensuite, selon vos besoins réels.

Comment les factures électroniques devront-elles circuler ? 

Les plateformes agréées (PA) 

Les factures électroniques ne circulent pas directement entre un cabinet de kiné et l’administration. Elles transitent par des plateformes agréées (PA), anciennement appelées PDP (Plateformes de Dématérialisation Partenaires). Ces plateformes assurent l’acheminement, la conformité technique, et la transmission des données prévues par le dispositif. 

Dans ce circuit, votre outil de gestion (ou votre organisation facturation/compta) est central. Soit votre solution est directement connectée à une PA, soit elle s’appuie sur un partenaire qui assure cette connexion. Dans les deux cas, l’objectif reste le même : automatiser la conformité, sans vous obliger à maîtriser les formats techniques ni la réglementation dans le détail. 

Milo ou une solution générique : quelle différence pour un kiné libéral ? 

Face à la réforme de la facturation électronique, un kiné libéral pourra choisir une solution généraliste, un outil proposé par son expert-comptable ou une solution compatible intégrée à son logiciel métier. 

Toutes ces options peuvent permettre de répondre aux obligations réglementaires. Mais elles ne se valent pas forcément dans la pratique. Pour un cabinet de kiné, le vrai sujet n’est pas seulement d’être conforme : c’est aussi de ne pas ajouter une couche administrative supplémentaire. 

Une solution générique peut convenir à une entreprise classique. Mais elle ne prend pas toujours en compte les situations propres aux cabinets de kinésithérapie : collaboration, remplacement, rétrocession, facturation à une structure, activités hors nomenclature, suivi des règlements, archivage et lien avec la comptabilité.

Avec Milo, l’objectif est différent : proposer une Solution compatible « Facturation électronique », intégrée à l’environnement métier du kiné, pour anticiper la réforme sans multiplier les outils ni changer profondément ses habitudes. 

Facturation électronique obligatoire : une solution pensée pour les kinés libéraux

Milo est officiellement Solution Compatible pour la facturation électronique et s’appuie sur la Plateforme Agréée Iopole pour assurer la conformité réglementaire.

En savoir plus

Facturation électronique kiné : solution générique ou Milo, que choisir ?

Pourquoi choisir Milo pour sa facturation électronique ?

Avec Milo, vous anticipez les échéances réglementaires tout en restant dans un environnement pensé pour votre métier. Vous pourrez recevoir vos factures électroniques, préparer l’émission des factures concernées, sécuriser leur archivage et faciliter le lien avec votre comptabilité. Tout est inclut : intégré dans la solution Milo, conforme et adapté à votre métier. 

L’intérêt est aussi métier. Un cabinet de kiné ne fonctionne pas comme une entreprise généraliste. Il peut y avoir des remplaçants, des collaborateurs, des redevances, des rétrocessions, des prestations hors nomenclature, des factures adressées à des structures ou des activités annexes. Une solution pertinente doit donc être capable de suivre ces usages sans complexifier le quotidien. 

Avec Horizon Compta Expert, le service comptabilité de Milo, le gain de temps est maximisé : vous synchronisez vos factures, paiements et écritures comptables, vous facilitez les rapprochements et vous réduisez les manipulations manuelles.
Le support interne CBA met d’ailleurs en avant cette logique de simplification comptable, de synchronisation et d’accès direct aux justificatifs.  

Cette approche permet d’anticiper sans attendre la dernière minute, tout en profitant de la période 2026 pour mettre en place le bon circuit administratif avant l’entrée en vigueur de l’émission obligatoire pour les PME et micro-entreprises en 2027. 

Avec Milo, vous ne choisissez pas seulement une solution conforme. Vous choisissez une facturation électronique intégrée à votre pratique de kiné, pensée pour vous faire gagner du temps, éviter les doubles saisies et préparer sereinement les échéances de 2026 et 2027. 

Et vous, êtes-vous prêt à passer à la facturation électronique au cabinet ?

📃 Les sources :

• Service Public Entreprendre
• Impôts gouv
• Ministère de l’Économie