Kiné libéral et facturation électronique obligatoire : qui est concerné, quand et comment ?

Facturation électronique 2026 : le guide de référence pour les masseurs-kinésithérapeutes libéraux

À partir du 1er septembre 2026, la facturation électronique obligatoire va progressivement concerner les kinésithérapeutes libéraux. 💡 Même si les soins sont exonérés de TVA, chaque cabinet devra pouvoir recevoir des factures électroniques (énergie, télécom, logiciels, fournisseurs…). Puis, à compter de septembre 2027, certains kinés devront aussi émettre des factures électroniques pour leurs activités entre entreprises : collaboration, rétrocession (selon le régime de TVA), prestations en structures, formation, etc. La facturation électronique obligatoire s’inscrit dans un mouvement de modernisation et de simplification des échanges avec l’administration. Depuis un cabinet de kinésithérapie, cela peut ressembler à une contrainte de plus. Dans cet article, l’objectif est de préciser ce qui change réellement pour les kinés libéraux… et de montrer comment cette évolution peut aussi, à terme, simplifier la gestion du cabinet.

La facturation électronique obligatoire : de quoi parle-t-on vraiment ?

Lorsque l’on parle de “facturation électronique obligatoire”, il ne s’agit pas simplement d’envoyer vos factures en PDF par e‑mail. L’obligation porte sur l’usage de factures au format structuré, c’est‑à‑dire des fichiers conçus pour être lus et traités automatiquement par des logiciels, sans ressaisie. Des noms techniques comme Factur-X, UBL ou CII circulent souvent, mais vous n’avez pas à les maîtriser, car ce sont vos outils qui gèrent ces formats en pratique.

La réforme repose ensuite sur deux mécanismes qui sont souvent confondus.

  • ➡️ L’e-invoicing correspond à l’échange de factures entre entreprises établies en France, donc à une logique B2B.
  • ➡️ L’e-reporting correspond à la transmission à l’administration de certaines données liées aux transactions, lorsque l’e-invoicing ne s’applique pas.

Cette distinction est importante, car elle signifie que la réforme vise d’abord les échanges professionnels, et que les soins facturés aux patients ne basculent pas automatiquement dans le périmètre B2B.

Facturation électronique et télétransmission : deux logiques différentes

C’est un point clé pour éviter les amalgames : la facturation électronique ne remplace pas la télétransmission SESAM-Vitale.

  • ➡️ La télétransmission concerne les feuilles de soins et le circuit de remboursement par l’Assurance Maladie.
  • ➡️ La facturation électronique concerne une logique économique et fiscale, qui touche surtout les échanges entre structures et professionnels, ou certaines facturations hors soins au patient.

Dans la pratique, les deux systèmes continueront à fonctionner en parallèle. Les soins remboursés via l’Assurance Maladie suivent leur logique habituelle, tandis que la facturation électronique s’applique surtout à certains flux B2B (et à des obligations de transmission de données selon les cas).

Comment les kinés libéraux sont-ils concernés par la facturation éléctronique ?

Même si la majorité des soins kinés est exonérée de TVA, vous restez dans le champ de la réforme : l’administration ne se contente pas de suivre la “TVA collectée”, elle piste aussi les flux économiques. Et, concrètement, vous allez devoir adapter votre façon de tenir votre comptabilité.

Les situations où vous êtes concerné

La réforme peut vous concerner de deux manières : en tant que récepteur et en tant qu’émetteur.

Vous êtes concerné en tant que récepteur lorsque vous recevez des factures professionnelles, par exemple pour l’énergie, les télécoms, l’internet, les logiciels, les achats de matériel, ou des prestations liées au cabinet. C’est le cas le plus fréquent, et c’est la raison pour laquelle la réception en 2026 concerne pratiquement tout le monde.

Vous êtes concerné en tant qu’émetteur dès que vous facturez un autre professionnel ou une structure. Par exemple, cela peut arriver lorsque vous travaillez en collaboration, lorsque vous gérez des rétrocessions (selon votre cadre d’exercice et la qualification de votre interlocuteur), lorsque vous facturez une structure, ou lorsque vous facturez une activité de formation en B2B (si elle entre dans le périmètre concerné).

En résumé, tout ce qui relève du B2B peut entrer dans le dispositif. À l’inverse, les soins aux patients restent hors du périmètre de l’e-invoicing.

Pourquoi l’État met en place cette réforme sur la facturation électronique?

À première vue, le sujet peut ressembler à une contrainte administrative de plus. En réalité, l’objectif de l’État n’est pas seulement de “passer au numérique”, mais de standardiser l’échange des factures sous forme de données normalisées. Concrètement, la facture devient un flux de données plutôt qu’un document isolé qu’on classe puis qu’on ressaisit parfois en comptabilité.

Ce que la réforme change vraiment au quotidien

Concrètement, pour un kiné libéral, la facturation électronique va surtout renforcer l’importance d’un circuit administratif clair. Elle peut fluidifier la transmission des données vers la comptabilité, réduire les ressaisies et limiter les écarts. Elle sécurise aussi davantage les échanges avec vos partenaires (et, à terme, avec l’administration), ce qui réduit les zones grises et les oublis.

En clair, ce n’est pas une réforme “technique” que vous devez piloter vous-même. C’est une réforme d’organisation : si l’outil est bien paramétré et si le circuit est simple, la charge au quotidien reste contenue.

Ce qui ne change pas

Vos soins facturés aux patients et les flux liés à l’Assurance Maladie ne basculent pas d’un coup dans la facturation électronique B2B. Vous n’allez donc pas émettre des factures électroniques “entre entreprises” pour chacun de vos actes de soins comme si vos patients étaient des sociétés.

Quand la facturation électronique deviendra-t-elle obligatoire ?

La facturation électronique deviendra progressivement obligatoire à partir du 1er septembre 2026.

📆 À partir du 1er septembre 2026, vous devez être capable de recevoir des factures électroniques. C’est le point le plus certain pour les cabinets, car vos fournisseurs (énergie, télécom, logiciels…) basculeront progressivement.

📆 À partir du 1er septembre 2027, les PME et micro-entreprises doivent pouvoir émettre des factures électroniques dans les situations B2B concernées. Concrètement, vous ne “facturerez pas tout” en e-invoicing : l’émission vous concernera si vous facturez une entreprise ou une structure française dans le champ B2B.

👉 Pas de panique : vous gagnez à avancer par étapes. En 2026, l’enjeu principal est d’être prêt à recevoir. L’émission se prépare ensuite, seulement si vos flux le nécessitent.

Comment les factures électroniques doivent-elles circuler ?

Les factures électroniques ne circulent pas directement entre un cabinet de kiné et l’administration. Elles transitent par des plateformes agréées (PA), anciennement appelées PDP (Plateformes de Dématérialisation Partenaires). Ces plateformes assurent l’acheminement, la conformité technique, et la transmission des données prévues par le dispositif.

Dans ce circuit, votre outil de gestion (ou votre organisation facturation/compta) est central. Soit votre solution est directement connectée à une PA, soit elle s’appuie sur un partenaire qui assure cette connexion. Dans les deux cas, l’objectif reste le même : automatiser la conformité, sans vous obliger à maîtriser les formats techniques ni la réglementation dans le détail.

Faut-il agir dès maintenant ?

Non, pas dans l’urgence. Aujourd’hui, l’essentiel est de bien comprendre votre périmètre, plutôt que de multiplier les démarches trop tôt. Vous pouvez avancer avec trois réflexes simples.

  1. D’abord, repérez vos situations réellement B2B : facturez-vous une structure, une entreprise, une formation, ou avez-vous des flux interprofessionnels particuliers ?
  2. Ensuite, gardez en tête que vos soins aux patients ne basculent pas dans l’e-invoicing.
  3. Enfin, suivez l’évolution des solutions qui intégreront progressivement ces obligations, afin de choisir au bon moment un circuit adapté à votre cabinet.

En procédant ainsi, vous évitez les décisions hâtives et vous vous équipez de façon cohérente, sans alourdir votre organisation quotidienne.

Facturation électronique : l’essentiel à retenir

La facturation électronique n’est pas seulement une nouvelle contrainte administrative. Si vous la mettez en place de manière cohérente, vous gagnez en simplicité, en fiabilité et en sérénité dans la gestion du cabinet.

Avec le service Horizon Compta Expert, vous vous appuyez sur un partenaire qui connaît votre métier et suit de près les évolutions réglementaires. Les équipes vous accompagnent au bon moment, pour que votre cabinet reste conforme, sans démarches inutiles ni précipitation. Vous pouvez ainsi rester concentré sur vos soins, pendant que l’administratif devient plus clair, plus fluide et mieux maîtrisé, afin que la transition se fasse en toute tranquillité.

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